Mikrobiom jelitowy stanowi zbiór wszystkich mikroorganizmów obecnych w naszym przewodzie pokarmowym, czyli około 1000 różnych gatunków bakterii, grzybów i archeonów. Najliczniejsze grupy bakterii stanowią Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria i Actinobacteria, z których każda skupia wiele różnych gatunków. W jelicie grubym szczególnie licznie występują bakterie o właściwościach probiotycznych, takie jak Bifidobacterium spp., Bacterioides spp. i Lactobacillus spp, których rola nie jest jeszcze w pełni poznana. Niemniej jednak można zaobserwować ich pozytywny wpływ na zdrowie gospodarza.