Wśród badań wokół COVID-19, pojawiają się pytania – czy mikrobiom jelitowy ma jakikolwiek związek z zakażeniem wirusem SARS-CoV-2, przebiegiem COVID-19 i występowaniem długoterminowych konsekwencji zdrowotnych u ozdrowieńców. Pytania te są zrozumiałe, mając na uwadze fakt, iż układ pokarmowy wraz z mikroorganizmami tam bytującymi stanowi największy narząd immunologiczny w organizmie człowieka. Można więc przypuszczać, że odpowiedź immunologiczna na zakażenie koronawirusem jest w dużym stopniu uzależniona od mikrobioty jelitowej i może wpływać na przebieg COVID-19 oraz proces zdrowienia. Wiedza na ten temat może przynieść nowe perspektywy strategii terapeutycznych i profilaktycznych w pandemii.